Le congé longue maladie (CLM) permet aux fonctionnaires de bénéficier d'un arrêt de travail prolongé en cas de pathologie invalidante nécessitant des soins sur une longue période. Accordé pour une durée maximale de 3 ans, ce dispositif garantit le maintien du traitement pendant la première année, puis un demi-traitement les deux années suivantes. La demande de CLM requiert un certificat médical détaillé, puis un entretien de reprise sera organisé avant le retour au poste et l'accord du comité médical avant d'être validée.
Les conditions d'attribution du CLM pour les agents
Les critères médicaux nécessaires
L'attribution d'un CLM repose sur trois conditions médicales cumulatives. La pathologie doit rendre impossible l'exercice des fonctions professionnelles, tout en nécessitant des soins réguliers sous surveillance médicale stricte.
Le médecin traitant doit constater une affection dont la gravité s'avère confirmée par des examens approfondis. Par exemple, une sclérose en plaques au stade précoce peut justifier ce type d'arrêt si les symptômes impactent significativement le travail.
La nature évolutive de la maladie constitue un facteur déterminant. Les troubles doivent présenter un caractère durable et stabilisé, documenté par un suivi médical régulier. Le conseil médical évalue chaque situation individuellement, en prenant en compte l'ensemble du dossier clinique et des répercussions sur l'activité professionnelle.
Le statut du fonctionnaire concerné
La mise en congé longue maladie s'applique aux fonctionnaires titulaires et stagiaires en position d'activité ou de détachement. L'administration examine chaque demande selon la situation administrative de l'agent au moment de sa requête.
Un agent contractuel ne peut pas bénéficier de ce dispositif. Pour lui, un autre système existe : le congé de grave maladie, avec des modalités différentes.
La rémunération pendant l'arrêt varie selon l'ancienneté dans la fonction publique. Le maintien des primes dépend des dispositions propres à chaque collectivité, notamment pour la nouvelle bonification indiciaire (NBI). En cas de refus du CLM, l'agent dispose d'un délai de deux mois pour contester la décision.
Les situations professionnelles éligibles
La demande de CLM s'applique lors d'une incapacité avérée à exercer les missions habituelles du poste. Cette impossibilité peut survenir suite à une aggravation progressive de l'état de santé ou apparaître de manière soudaine.
Les agents exerçant des métiers physiquement exigeants peuvent connaître une absence longue durée nécessitant des ajustements, comme les personnels soignants ou techniques, constituent une part significative des demandeurs. Le CLM s'avère aussi adapté pour les postes requérant une concentration soutenue, tels que l'enseignement ou l'encadrement, quand les facultés cognitives sont altérées.
Un suivi médical rigoureux validera la pertinence du CLM selon l'impact réel de la pathologie sur les tâches quotidiennes. L'évaluation prend en compte la nature du poste, les contraintes spécifiques du service et les possibilités d'aménagement temporaire.
Quelles sont les maladies reconnues pour un CLM ?
Le cas particulier du burn out fonctionnaire
La mise en congé longue maladie pour burn-out nécessite un dossier particulièrement rigoureux. L'expertise psychiatrique obligatoire doit démontrer le lien direct entre l'épuisement professionnel et l'exercice des fonctions. La procédure débute par une consultation approfondie avec le médecin traitant, qui évaluera précisément les manifestations du syndrome : troubles du sommeil persistants, état anxieux chronique, altération des capacités cognitives. Le praticien documentera minutieusement l'impact sur la reprise de fonctions.
L'administration analyse avec attention les facteurs organisationnels ayant contribué à cette situation : charge de travail excessive, tensions relationnelles, restructurations multiples. Un historique détaillé des événements et la démonstration d'un motif valable renforcent considérablement les chances d'obtention du CLM. La nature de cette maladie et son caractère invalidant doivent être clairement établis pour justifier l'arrêt prolongé.
Les troubles psychologiques et la dépression
Les troubles psychologiques représentent désormais la deuxième cause d'arrêts maladie en France. La reconnaissance de ces pathologies comme motif valable de CLM marque une évolution majeure dans la prise en charge de la santé mentale des fonctionnaires.
Un suivi thérapeutique adapté accompagne systématiquement la période d'arrêt, comme expliqué dans notre guide absence longue duree. La reprise des fonctions s'organise progressivement, avec des aménagements possibles du temps de travail. Le dispositif "Mon soutien psy" permet notamment aux agents de bénéficier de séances remboursées avec un psychologue conventionné.
Les statistiques révèlent que 44% des arrêts longue durée concernent des situations de stress chronique ou de dépression sévère. L'administration reconnaît pleinement le caractère invalidant de ces pathologies, souvent liées aux risques psychosociaux.
Les maladies chroniques invalidantes
Les maladies chroniques évolutives affectent durablement la capacité de travail des agents publics. Les pathologies auto-immunes, telles que la polyarthrite rhumatoïde, requièrent des adaptations régulières du poste selon l'évolution des symptômes.
La prise en charge s'organise autour d'un parcours personnalisé intégrant les contraintes médicales spécifiques. Un aménagement flexible du temps et de l'espace de travail permet aux agents atteints de diabète ou d'insuffisance rénale de poursuivre leur activité professionnelle.
Les maladies respiratoires comme l'asthme sévère ou la bronchopneumopathie chronique obstructive nécessitent des modifications de l'environnement professionnel. L'objectif reste le maintien dans l'emploi grâce à une collaboration étroite entre médecine du travail et services RH.
La durée et le renouvellement du congé
La période initiale d'attribution
L'octroi du CLM s'effectue par périodes de 3 à 6 mois. La première demande requiert une validation du conseil médical qui examine le dossier complet de l'agent.
Le renouvellement pendant la première année s'obtient sur simple présentation d'un certificat médical, sans nouvelle consultation du conseil médical. Cette procédure simplifiée accélère le traitement des prolongations.
Un fonctionnaire peut bénéficier d'un CLM de manière continue ou fractionnée selon ses besoins. Dans ce dernier cas, chaque période compte dans la durée totale autorisée. La répartition des périodes s'adapte au rythme des soins et au protocole thérapeutique établi.
Les conditions de prolongation
Au-delà de la première phase, la prolongation du congé nécessite un examen approfondi par le médecin agréé. Un dossier complet doit être transmis à l'administration un mois avant la fin de la période en cours.
L'agent doit fournir un bilan médical détaillé incluant l'évolution de sa pathologie et les traitements suivis. Le renouvellement s'effectue uniquement après validation du dossier par les instances médicales compétentes.
Les modalités d'extension varient selon la gravité de l'affection. Une réévaluation régulière permet d'ajuster la durée des périodes accordées en fonction des besoins thérapeutiques du fonctionnaire. Un suivi personnalisé accompagne chaque phase de prolongation, détaillé dans notre lexique conges absences pour garantir une prise en charge adaptée.
Quelle est la durée maximale d'un congé longue maladie ?
La période de congé pour une mise en congé longue maladie (CLM) est strictement encadrée par la réglementation : la durée maximale ne peut excéder trois années consécutives. Cette limite s'applique à l'ensemble des renouvellements accordés pour une même pathologie, que les situations de congés soient continues ou fractionnées. Les périodes discontinues s'additionnent dans le décompte total du CLM.
Pour bénéficier d'un nouveau CLM après avoir épuisé ses droits, le fonctionnaire doit impérativement reprendre son activité pendant au moins une année complète. Cette règle s'applique systématiquement, voir aussi le dispositif de conge présence parentale pour les agents aidants. Concernant la rémunération, l'agent conserve l'intégralité de son traitement pendant la première année, avant de passer automatiquement à demi-traitement pour les deux années suivantes.
Tout au long de cette période triennale, un contrôle médical régulier est imposé pour évaluer la nécessité de prolonger le congé et suivre l'évolution de l'état de santé. Les demandes de renouvellement doivent être soumises au moins un mois avant l'expiration de la période en cours, accompagnées d'un certificat médical justifiant la prolongation.
Le maintien de la rémunération pendant le CLM
Le calcul du traitement la première année
La rémunération pendant les douze premiers mois comprend le maintien intégral du traitement indiciaire et une part des primes. Depuis septembre 2024, les agents conservent 33% de leurs indemnités à caractère pérenne durant cette période initiale.
Un exemple concret : un fonctionnaire percevant 2 500€ de traitement de base et 500€ de primes mensuelles touchera 2 500€ plus 165€ de primes (33% de 500€) chaque mois pendant sa première année de CLM.
La nouvelle réglementation 2025 garantit également la conservation des avantages familiaux et du supplément familial de traitement. Les agents bénéficient par ailleurs du remboursement des honoraires médicaux et des frais directement liés à leur pathologie.
La rémunération en cas de renouvellement
Le passage à la deuxième et troisième année de CLM entraîne une modification substantielle des revenus. L'agent perçoit 50% de son salaire de base durant cette période.
La réforme de mars 2025 introduit une garantie minimale : le montant versé ne peut être inférieur aux indemnités journalières de la Sécurité sociale. Un complément différentiel s'applique automatiquement pour atteindre ce seuil.
Les avantages sociaux restent acquis pendant toute la durée du renouvellement : supplément familial, indemnité de résidence et remboursement des frais médicaux liés à la pathologie. Cette disposition s'applique uniformément aux fonctionnaires territoriaux, hospitaliers et d'État.
Les primes et indemnités maintenues
La réforme de septembre 2024 s’ajoute aux règles sur les conges payes arrêt maladie déjà en vigueur. Les agents conservent désormais 33% de leurs indemnités la première année du CLM. Ce taux passe à 60% pour les deux années suivantes.
Les indemnités liées aux frais professionnels, comme les remboursements de transport ou les primes de déplacement, restent suspendues pendant toute la durée du congé. En revanche, les compléments de rémunération tels que le supplément familial et l'indemnité de résidence demeurent acquis intégralement.
Un agent placé en CLM suite à un congé maladie ordinaire garde les primes perçues durant ce dernier. Cette disposition s'applique uniquement jusqu'à la date officielle de début du CLM, sans possibilité de cumul entre les deux régimes.
La procédure de demande pas à pas
La constitution du dossier médical
La demande de CLM requiert un dossier médical complet comprenant plusieurs documents essentiels. Un certificat détaillé du médecin traitant doit exposer précisément la pathologie, son évolution prévisible et la nécessité des soins prolongés.
Le patient fournit également ses examens complémentaires récents : analyses biologiques, imagerie médicale ou tout autre document pertinent. Pour garantir la confidentialité, ces pièces sont transmises sous pli cacheté au secrétariat du conseil médical.
Les médecins spécialistes consultés peuvent enrichir le dossier avec leurs observations et recommandations spécifiques. Un exemple concret : pour une pathologie rhumatologique, le rhumatologue détaillera l'impact fonctionnel sur l'activité professionnelle et le protocole thérapeutique envisagé.
Le rôle du comité médical
Le comité médical analyse chaque demande de CLM lors de sessions dédiées. Composé de médecins experts, il évalue l'impact de la pathologie sur les capacités professionnelles de l'agent.
Sa mission première consiste à formuler des recommandations médicales précises pour l'administration. Par exemple, dans le cas d'une pathologie rhumatismale, le comité peut préconiser une reprise progressive ou suggérer des adaptations du poste de travail.
Elle statue sur la durée initiale du congé et détermine les modalités de suivi médical. Le comité peut aussi solliciter des expertises complémentaires auprès de spécialistes pour affiner son évaluation.
Les délais à respecter
La transmission rapide des documents constitue une étape cruciale dans l'obtention du CLM. Le certificat médical détaillé doit parvenir à l'administration sous 48 heures après le début de l'arrêt.
Pour un renouvellement, l'agent anticipe sa demande au minimum un mois avant la fin de sa période en cours. Cette prévoyance évite toute rupture dans le versement des indemnités.
Les délais de réponse varient selon les situations : l'administration dispose de 4 semaines pour statuer sur une première demande. Le conseil médical examine les dossiers dans un délai maximum de 2 mois à compter de leur réception complète. Un exemple parlant : un agent déposant sa demande le 1er juillet 2025 recevra une réponse au plus tard début septembre.
Le suivi médical pendant l'arrêt
Les contrôles médicaux obligatoires
Comment fonctionne le congé longue maladie en termes de surveillance médicale ? Un dispositif strict de contrôles réguliers encadre le CLM pour garantir un suivi optimal. Le médecin agréé, inscrit sur la liste indicative des maladies validées par l'administration, examine systématiquement l'agent au minimum tous les six mois. Ces visites permettent d'évaluer l'évolution de la pathologie et d'ajuster le protocole thérapeutique si nécessaire.
Dans certaines situations de congés complexes, l'administration peut déclencher des examens supplémentaires à tout moment. Une consultation avec un spécialiste s'avère parfois indispensable pour affiner le diagnostic ou adapter le traitement. La question de la rémunération en congé longue maladie est directement liée au respect de ces obligations : Le refus de se soumettre aux contrôles réglementaires ou un abandon poste injustifié entraîne la suspension immédiate du versement des indemnités.
Pour garantir la traçabilité des procédures, l'agent reçoit systématiquement une convocation par courrier recommandé avec accusé de réception. Ce document précise la date, l'heure et le lieu de l'examen, avec un délai minimum de prévenance de 8 jours. En cas d'empêchement justifié, l'agent doit immédiatement prévenir l'administration pour reprogrammer le rendez-vous et éviter toute interruption de sa prise en charge.
L'expertise psychiatrique si nécessaire
Le psychiatre expert analyse notamment l'état psychologique pour prévenir tout harcèlement moral de travail aggravant la situation.
La consultation dure généralement entre 45 minutes et une heure, permettant un bilan complet de la situation. Le spécialiste évalue la cohérence du discours, l'orientation spatio-temporelle et la capacité de concentration.
Un exemple concret : pour un agent souffrant de dépression sévère, le psychiatre évalue sa capacité à maintenir son attention, à prendre des décisions et à interagir avec ses collègues. Son rapport détaillé permet d'adapter précisément la durée du congé aux besoins thérapeutiques.
Les visites de reprise à prévoir
La entretien reprise médicale s’organise dans les 8 jours suivant le retour au travail. Cette consultation permet d'évaluer l'aptitude de l'agent à retrouver ses fonctions et d'identifier les éventuels besoins d'adaptation du poste.
Un rendez-vous préalable avec le médecin du travail reste possible dès 30 jours d'arrêt. Cette démarche anticipée facilite la préparation du retour dans le service.
La reprise progressive peut être envisagée selon l'état de santé. Le médecin détermine alors la durée et les modalités de cette période transitoire. Par exemple, un agent pourrait commencer par des demi-journées avant de reprendre son temps plein habituel.
Droits et obligations pendant le CLM
L'acquisition des congés payés pendant l'arrêt
Un nouveau dispositif de report s'applique désormais : les congés non pris peuvent être reportés jusqu'à 15 mois après la reprise d'activité. L'administration doit notifier par écrit à l'agent le nombre exact de jours acquis.
La période d'acquisition des droits s'étend du 1er juin 2024 au 31 mai 2025. Les congés accumulés restent valables même en cas de prolongation du CLM. Cette mesure s'inscrit dans l'harmonisation du droit français avec les normes européennes, assurant une meilleure protection des agents publics.
Les règles de cumul d'activités
La réglementation encadre strictement les activités professionnelles autorisées durant un congé longue maladie. L'agent doit cesser tout travail rémunéré, à l'exception des occupations thérapeutiques prescrites et supervisées par un médecin.
Un protocole médical spécifique permet d'établir les modalités d'une activité bénéfique à la réadaptation professionnelle. Cette dérogation vise uniquement la reprise progressive des fonctions ou la reconversion.
Le médecin agréé évalue la compatibilité entre l'état de santé et l'activité envisagée. Par exemple, un agent en CLM pour dépression pourrait participer à des ateliers de réinsertion professionnelle, sous contrôle médical strict.
Le maintien du lien avec l'administration
La communication régulière avec votre administration reste primordiale pendant votre CLM : votre service gestion conges pourra répondre à toutes les questions pratiques. Un échange mensuel par téléphone ou courriel permet de rester informé des évolutions de votre service et de préparer sereinement votre retour.
L'envoi des documents administratifs s'effectue par voie postale en recommandé ou via la plateforme numérique dédiée. Votre gestionnaire RH constitue votre interlocuteur privilégié pour toute question relative à votre situation.
L'administration doit vous transmettre les bulletins de paie et les informations essentielles concernant votre carrière. Réciproquement, vous devez signaler tout changement d'adresse ou modification de votre situation personnelle dans un délai de 15 jours.
La réintégration après un congé longue maladie
Les conditions de reprise du travail
La réintégration professionnelle s'effectue uniquement après validation du médecin du travail. Cette consultation médicale vérifie votre capacité à retrouver vos missions habituelles dans des conditions optimales.
Un rendez-vous préalable avec votre supérieur hiérarchique permet d'organiser concrètement votre retour. Cette étape garantit une réadaptation progressive à votre environnement professionnel et à vos responsabilités.
La reprise à temps partiel thérapeutique représente souvent une solution adaptée. Par exemple, un enseignant pourrait commencer par assurer uniquement les cours du matin avant de reprendre un emploi du temps complet.
Une évaluation régulière par le médecin du travail accompagne cette phase transitoire pour ajuster si nécessaire les modalités de votre retour.
L'aménagement possible du poste
Les modifications ergonomiques du poste constituent une priorité pour garantir une reprise sereine. Des solutions matérielles comme un siège adapté, un écran surélevé ou un bureau réglable en hauteur permettent d'adapter l'environnement aux besoins spécifiques du salarié.
L'organisation du travail peut aussi évoluer avec une répartition différente des tâches. Un agent administratif pourrait alterner entre l'accueil du public et le traitement des dossiers pour varier les postures et limiter la fatigue.
La mise en place d'outils numériques adaptés facilite également le retour : logiciels de dictée vocale, claviers ergonomiques ou applications de gestion du temps personnalisées. Ces dispositifs s'accompagnent d'une formation pour maîtriser ces nouveaux équipements.
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Le suivi post-reprise
Un accompagnement personnalisé s'avère déterminant dans les premiers mois suivant le retour au travail. Des rencontres régulières avec le responsable hiérarchique permettent d'évaluer la réussite de la réintégration et d'ajuster rapidement les modalités si nécessaire.
Un référent dédié au sein du service RH reste disponible pour répondre aux questions et faciliter les démarches administratives. Cette personne ressource coordonne aussi les échanges entre les différents acteurs impliqués dans la réussite du retour.
Différences entre CLM et autres congés maladie
CLM vs congé maladie ordinaire
Le congé longue maladie se distingue fondamentalement du congé maladie ordinaire par sa durée maximale de 3 ans, contre 12 mois pour un arrêt classique. La nature des pathologies concernées marque une autre différence majeure : le CLM s'applique aux maladies invalidantes nécessitant des soins prolongés.
La rémunération varie également. Un agent en CLM perçoit son traitement intégral pendant un an, puis 50% les deux années suivantes. Pour le congé ordinaire, la rétribution passe à 90% les trois premiers mois, puis à 50% les neuf mois restants.
Le CLM requiert l'avis préalable du conseil médical et un dossier médical approfondi, tandis qu'un simple certificat médical suffit pour un arrêt ordinaire. Cette procédure spécifique garantit une prise en charge adaptée aux pathologies graves.
CLM vs congé longue durée
Le congé longue durée (CLD) s'applique uniquement à cinq pathologies spécifiques : tuberculose, maladie mentale, cancer, poliomyélite et déficit immunitaire grave. Cette liste restrictive le différencie du CLM qui couvre un éventail plus large d'affections.
La prise en charge financière du CLD s'étend sur cinq ans, avec trois années à plein traitement suivies de deux ans à demi-traitement. Un fonctionnaire peut bénéficier d'un nouveau CLD pour une pathologie différente de la première.
Le passage du CLM vers le CLD s'effectue après la première année de CLM à plein traitement. Une particularité notable : le fonctionnaire conserve la possibilité de rester en CLM plutôt que de basculer en CLD, selon sa situation personnelle et l'évolution de sa pathologie.
CLM vs congé grave maladie
Le congé grave maladie représente l'équivalent du CLM pour les agents contractuels de la fonction publique. Sa durée maximale atteint également 3 ans, mais son accès requiert désormais 4 mois d'ancienneté minimum depuis septembre 2024, quel que soit le ministère ou le versant.
Les modalités de rémunération suivent une logique similaire au CLM : traitement intégral la première année, puis 50% les deux années suivantes. La grande nouveauté de 2025 concerne le maintien des primes, calculé à 33% la première année et 60% pour les deux années restantes.
Un agent contractuel souffrant d'une sclérose en plaques illustre bien cette situation : son congé grave maladie lui permet de suivre ses traitements sur la durée tout en conservant une partie substantielle de sa rémunération.
Les recours en cas de difficultés
La contestation d'une décision médicale
Face à un refus de congé longue maladie, la première étape consiste à saisir le conseil médical supérieur dans un délai de deux mois suivant la notification. Cette demande doit s'accompagner d'un dossier médical actualisé et d'arguments précis justifiant la contestation.
Durant l'examen du recours, le conseil médical supérieur peut solliciter une expertise complémentaire ou programmer un nouvel examen médical. L'agent conserve son demi-traitement pendant toute la procédure de contestation.
Une contre-expertise médicale par un spécialiste agréé renforce considérablement les chances de succès du recours. Le médecin traitant peut également fournir un rapport détaillé soutenant la demande de révision.
Le secrétariat du conseil médical informe l'agent des modalités pratiques de contestation et assure le suivi administratif du dossier jusqu'à la décision finale.
Les voies de recours administratives
La démarche administrative offre plusieurs options pour contester une décision défavorable. Un recours gracieux adressé directement à l'autorité décisionnaire permet une révision du dossier sous 30 jours. Cette procédure s'avère particulièrement adaptée quand des éléments nouveaux justifient un réexamen de la situation.
Le tribunal administratif constitue une autre voie possible dans un délai de deux mois après la notification du refus. Cette démarche nécessite la constitution d'un argumentaire solide, appuyé par des pièces justificatives précises.
L'accompagnement syndical possible
Les organisations syndicales proposent un soutien personnalisé aux agents en congé longue maladie. Leurs représentants maîtrisent parfaitement les dernières évolutions réglementaires de 2025 et conseillent sur les démarches à entreprendre.
Les permanences syndicales offrent un espace d'écoute confidentiel où les agents peuvent exposer leur situation. Les délégués syndicaux assurent également la liaison avec l'administration et défendent activement les droits des fonctionnaires lors des commissions.
Un accompagnement juridique spécialisé renforce la protection des agents : analyse des documents administratifs, préparation des dossiers de recours, représentation devant les instances compétentes. Les syndicats négocient aussi des aménagements adaptés pour faciliter le retour au travail.
Team Eurécia
Elodie, Romane, Emmanuelle, Valentin ou encore Amalia : c'est toute notre équipe de rédaction qui vous apporte chaque jour des informations concrètes…
